El juego de Kingdom Hearts inicia con un niño de 14 años que tiene varios sueños, en los cuales es atormentado por la oscuridad. Afortunadamente, su amiga Kairi lo despierta y lo invita a una carrera para ver quien es más veloz. En este momento se te notifica que están en el mundo "Destiny Islands", o Islas del Destino.
En otro mundo, Donald se encuentra con una gran sorpresa: El rey Mickey Mouse ha desaparecido y les ha dejado una carta, en la cual muestra su preocupación por los mundos que han estado desapareciendo. Como un Rey valiente, decide ir a investigar. Mientras tanto, en la carta le pide a Donald que vayan y busquen al "Portador de la Llave". Donald no tiene más opción que seguir las indicaciones del rey, por lo cual va y le pide a Goofy que lo acompañe. Ambos se suben en una nave espacial, conocida como "Gummy Ship", e inician el viaje a un nuevo mundo.
De vuelta con Sora, nos empezamos a dar cuenta que tiene un amigo, llamado Riku, quien también parece estar enamorado de Kairi, al igual que Sora. Por lo tanto, empieza un conflicto entre ambos para ver quien se "queda" con Kairi. Llega la noche y se van a su pueblo. Empieza una tormenta y Sora se da cuenta que necesita ir a asegurarse que la barca que habían estado construyendo no se rompa con la tormenta, por lo cual se dirige a la Isla en la que habían estado él y sus amigos construyéndola.
Al llegar a la isla se da cuenta que algo está muy mal. Lo empiezan a atacar unas sombras conocidas como Heartless. Sin embargo, su espada de madera es inofensiva contra estas creaturas. Se pone a explorar y de repente le es otorgada la "Keyblade", la cual, además de ser un arma poderosa, convierte a Sora en el oficial "Portador de la Llave" . También se encuentra con Riku, quien aparentemente se ha vuelto algo loco.
Momentos después la isla entera es absorbida por la oscuridad, y Sora cae en un hoyo negro. Cuando recupera el conocimiento, está en un pueblo desconocido para él, en el cual se encuentra con Goofy y Donald. Ellos le comentan a Sora sobre la situación, y Sora decide ayudarlos a encontrar al Rey e investigar que ha estado sucediendo, siempre y cuando ellos le ayuden a encontrar a sus amigos.
